会社員で副業で年20万円こえています。

①当たり前だとは思いますが、年末調整で基礎控除適用なので確定申告では適用されますでしょうか。

合わせての金額に480,000円は適用。
②色々調べましたが、会社員が副業で得る収入は多くの場合に雑所得になると認識しております。

そうなると考えます。給料に依存していますから。
もし同様なケースで事業所得と認められる方法などありますでしょうか。
（要は青色申告で65万円控除できる方法ですかね。）

給料以上に売り上げがある。300万円以上売り上げがある等。
③確定申告での発生する住民税（所得税も）を会社の天引きではなく、普通徴収で納付したいので書類に「普通徴収」を選択するつもりですが、 この場合、確定申告で申請する医療費控除、ふるさと納税の控除は普通徴収の住民税（所得税）に引かれて計算されるのでしょうか。

いいえ、普通徴収での金額が、マイナスになれば、特別徴収になると考えます。市役所にいとど聞いてください。
④③がそうでしたら、特別徴収での計算に引かれるようにする方法はありますでしょうか。普通徴収を選択しなければ、すべてが、特別徴収です。
⑤確定申告で収入額を記入する際に正確な金額がわからない場合には大体の金額で記入しても問題ないでしょうか。

いいえ、そのようなことはできません。
誤差いくらとかの範囲内であったりとかありますでしょうか。

上記は税務署に聞いてください。
⑥リモートワークのため、家賃の一部も経費にしたいと思いますが、 調べたところ、面積か時間で計算して経費にできるとの内容がありました。 面積か時間どちらか一つだけの計算方法で経費にできますでしょうか。

両方を勘案します。
例１）家賃10万円で月720時間の内144時間副業をした場合 月の20%相当の4万円を経費とする。

いいえ、使用場所も考えます。
例２）面積50平米の家でワークスペース(デスク、椅子、トイレに行く経路など）が10平米の場合 20%相当の4万円を経費とする。

結果そうなれば、そうです。

回答ありがとうございます。
⑥の方ですが、両方勘案するということは例の話で例えるといくら控除できますでしょうか。

⑥の方ですが、両方勘案するということは例の話で例えるといくら控除できますでしょうか。
使用方法やその他は他人にはわかりません。
使用割合使用時間で、計算してみてください。