土地の持ち分変更

土地は私の自宅で、親は健在で別居です。土地の評価額は500万円です。
暦年贈与と相続時精算課税のどちらを使えば贈与税(相続税)を安く抑えられるでしょうか。

評価額は売り値でしょうか。
暦年課税は、110万円以上は、贈与税の計算をして贈与税を納める。
7年以内に親が逝去した場合には、相続税の課税価格に＋して、納めた贈与税について、相続税に取り込む。7年が過ぎると、何もなったことになる。


相続時精算課税

は、とりあえず、2,500万円までは無税。
親が逝去した時に、あらためて、＋して、相続税を計算する。

竹中でしたら、登記費用は掛かるが、毎年評価額＝時価ですが、500万とすれば、5年間1/5ずつ贈与する。

持ち分が1:99(自分:親)の土地の持ち分を100:0に変更しました。

すでに、登記原因を贈与で名義変更したのでしょうから、お考えのとおり、この500万円について暦年贈与か相続時精算課税制度による贈与かを決めなければなりません。
暦年贈与であれば、贈与税申告納税が必要です。（贈与額500万円の場合、贈与税額は485,000円）
相続時精算課税を選択するのであれば、贈与税はかかりませんが、相続時にこの500万円を加算のうえ、相続税がかかるかどうかを判定しなければなりません。
相続税がかかりそうもないのであれば、相続時精算課税制度を選択した方が有利です。
相続税がかかりそうな場合は、暦年贈与の場合の贈与税額と比較検討し、どちらが有利かを判断することになります。

500万円は固定資産税の課税標準額です。今年名義は私に変更しました。
他に相続するようなものはありません。

相続税（贈与税）評価額は固定資産税評価額よりも若干、高いと思われますが、親の将来の全相続財産額がこの評価額を加算しても相続税の基礎控除額以下であれば、相続税申告納税は不要です。
したがって、相続時精算課税制度を選択すれば、贈与税も相続税もかからないということになります。