会社の近くの会長と社長の息子の二世帯戸建て住宅の節税の方法について

二世帯住宅はどなたの名義（所有）なのでしょうか？
仮に、ご質問者様の単独所有でお父様の居住部分を会社に貸して役員社宅扱いちするにしても、会社からご質問者様に賃料の支払いがなければ会社の経費とは出来ませんし、会社から家賃を支払って会社の経費としても一方でご質問者様の所得にしかければいけません。
また、お父様からは最低でも家賃の半分を会社に入金する必要がありますが、お父様が会社に支払った家賃負担分は当然、お父様の経費にはなりません。
従って、会社・ご質問者様・お父様の全体で考えた場合、然したる節税にはならないと思いますし、そもそもご質問のような形は合理的な説明が困難なので、最悪の場合全て否認される可能性が高いと思います。

ご回答大変有難う御座いました。
節税は難しいですね。
所有権は、戸建て金額の半分以上を父が支払います。土地も父名義のものです。
私は逆に妻と住まわせてもらう立場ですが、少しでも会社の節税ができないかと思い立ち、質問させて頂きました。
同じ土地に、完全分離二世帯住宅を建てるつもりなのですが、一つの戸建てに分筆線は入れられないですし、相続税のことを考えると、小規模宅地の特例等を使った方が良さそうですね。