起業する際にジュニアNISAを解約して資本金にする場合

会社は株主の物です。普通に考えて、株主が３歳と４歳だけだったら会社や運営はうまくいきませんから、例えば親400万円、３歳100万円、４歳100万円などと出資して、親の意思で会社の運営できるようにしておくべきだと思います。
親の出資比率が2/3以上であれば特別決議でも可能ですから。

なお、ジュニアNISAは名義人のものです。
その者に管理能力が無い場合、親が管理するのは当然ですが、勝手に子から親に贈与することはできません。親に贈与すると言うことは、親が利害関係者になるため勝手にはできません。特別代理人の選定が必要ですし、贈与は対価のない資産の移動のため、特別代理人としても簡単に許可できません。子にとって不利益しかないからです。

前述した「親400万円、３歳100万円、４歳100万円などと出資して」については、400万円については親が自ら資金を用意することを前提に書いています。３歳、４歳から贈与を受けてではないことに留意してください。