会社設立　資本金について　

詳細は分かりかねますが、毎年消費税が非課税になる許可を受けているのであれば、資本金が1千万円を超えても消費税は非課税になると思われます。（資本金が1千万円以下でも3年目からは売上高次第で消費税はかかりますが、ご質問者様の場合ですと認可を受け消費税は非課税のようですので。）
特殊な許可になると思いますので、一度税務署に事前にご相談に行かれることをおすすめいたします。
どうぞよろしくお願いいたします。

早々のご回答ありがとうございます。

非課税対象の事業所になるのですが、非課税対象項目が、
非課税となる利用料等の範囲
消費税が非課税となるのは、乳児又は幼児を保育する業務として行う資産の譲渡等に限られます。
この場合の乳児又は幼児を保育する業務として行う資産の譲渡等には、保育所において行われる保育サービスと同様のサービスが該当します。具体的には次の料金等を対価とする資産の譲渡等が、これらのサービスに該当することとされています。

(1)　保育料（延長保育、一時保育、病後児保育に係るものを含みます。）

(2)　保育を受けるために必要な予約料、年会費、入園料（入会金・登録料）、送迎料

上記の内容のみ非課税になります。
資本金は別物と考えて、やはり消費税はかかることになるのでしょうか？
それとも、その資本金から上記内容の所得になるので、やはり同様非課税になるのでしょうか？

お答えしにくいご相談で申し訳ございません。

ご回答の程ｍ、宜しくお願い申し上げます。

消費税がかかる売上高（課税売上高といいます）が1000万円を超えると基本的に消費税を納める必要がでてきてます。特殊な事業で私もあまり詳しくありませんが、(1)、(2)以外の課税売上高が1000万円を超える場合は消費税を納める必要がある気がします。また資本金を1000万円以上にすると原則消費税を納める必要がありますので（課税売上高にかかわらず）、気になるのであれば資本金を1000万円未満にすることをおすすめいたします。
どうぞよろしくお願いいたします。