個人事業主として得た収入から、すでに設立している法人へ出資するのは問題ですか？

法人によっては、借入金。
個人にとっては、法人に対する貸付金。

とされれば、何ら問題はありません。青色申告にもまったく影響はおよぼしません。通常、生じることですから。

法人が回るようになれば、
　借入金　××　預金　××

と返済すればよいですし、個人においても、
　預金　××　貸付金　××

と返済を受ければよいですから。

返済しないで、相続が生じる場合、法人に対する貸付金が相続財産として残って、相続人の方が苦労される、といったこともありますが、これは数巡年後の話で、それまでに返済しないと、と思っていただければよろしいのかと存じます。

文面から分かる範囲内でお答えいたします。
Q1：個人事業主として得たお金を、自分が代表を務める法人に入れる（最終的には資本金にする）のは法的に問題ないのでしょうか？

これは問題ありません。ただ、気になったのは、「最終的には資本金にする」の部分で、最初借り入れにして、あとで資本金にするということでしょうか。でしたら、現物出資となることがあり、手続きが必要になることがあります。

Q2：この場合、青色申告の際は、このお金の動きをどのように会計処理すればよいのでしょうか？

確定申告ということでしたら、会計処理は不要です。貸し付けるにしても出資するにしても個人事業の費用にすることはできません。

Q3：法人の商売が回るようになったら、個人事業主を廃業して法人の商売一本でやろうと思っています。個人事業主を廃業する際は、このような出資はどのように処理されるのでしょうか？

株の権利はそのままとなります。出資は引き続きご質問者のもののままとなります。

株式を持つのに個人事業主になる必要はございません。

ご参考になれば幸いです。

個人事業の法人成りではなく、同時進行ということでよろしいですか。
業種（仕事の内容）は、個人と法人は同じですか、違いますか。
同じだと多々問題があります。
違う場合は、個人から、法人への貸付となるため、問題はありません。

1.個人事業で得たお金を会社に入れる(貸し付ける)行為は法的に問題はありません。たたし、個人事業では経費になりませんのでご留意ください。
また、後日資本金にすることも法的に問題はありませんが、借入債務の資本組み入れになりますので、少々複雑な手続きが必要になります。

2.個人事業の会計処理は次のようになります。
(借方)事業主貸　×××　(貸方)現金預金　×××
一方の会社の方は次のような処理になります。
(借方)現金預金　×××　(貸方)借入金　×××

3.個人事業を廃止する場合、会社への出資に関する処理は何も必要ありません。貸付金または出資金(株式)として個人で継続して保有することになります。
個人事業の廃業と会社への貸付または出資は別の取り扱いになります。

回答してくださった税理士の皆様、ご回答どうもありがとうございました。
迅速なご回答を頂き、とても驚きました。
そして、悩みが解決してとてもありがたく感じております。
どうもありがとうございました。