起業をする際に、個人事業主がいいのか合同会社がいいのか悩んでいます。

合同会社は、法人の設立費用があまりかかりませんから、共同経営であれば、法人経営の方が良いと考えます。
しかし、法人の場合、法人県民税、法人市民税の均等割額が、年間7万円～8万円課税されます。
又、役員報酬を支給する場合には、社会保険に加入する事になります。

３人で共同で事業を始める場合、それを個人で行うときには誰が事業主になるかという問題があります。そのような問題や煩わしさを回避するためには法人にした方が宜しいかもしれません。
但し、法人を設立するには設立の費用が生じることと、毎年、法人地方税の均等割りという税金が赤字でもかかってきますので、それらも考慮に入れて判断することが必要と考えます。
今後のビジネスの展開が期待できるのであれば法人化しておかれるのも宜しいと思います。

　通常お一人で事業をされる場合で年間売り上げが４０～100万円の見込みでしたら、他の収入にもよりますが、事業税や社会保険料の関係もあり法人化のメリットは薄いと思われます。
　ただし、貴方の仰るとおり「銀行借入」などは法人の方が融資を受けやすいと言われていますし、社会的にも信用度が高いものとなります。

　しかし、共同経営の場合は「法人経営」のほうが経営がしやすと思われます。

　また、共同事業を、個人として行う場合は「民法上の任意組合」とし、収支を相互の契約により按分する方法（この場合は、各人が「個人事業主」となります。）や、どなたか一人が「事業主」となり、他の方が「従業員」として「給与支給を受ける」ようにする方法もあります。しかし、この場合は「事業主」となられた方が様々な「責任」を負うことになります。

　いずれにしても、後々のトラブル防止のために良く話し合いをされることをお勧めします。