合同会社と個人事業主　兼業

アフィリエイト業の方を合同会社として設立し、プログラマー業の方を個人事業主として行い。合同会社側の給料を安くして、社会保険に加入したいと考えておりますが可能でしょうか。


可能だと考えます。

この場合、税務署から租税回避などを指摘を受ける可能性はあるでしょうか。


法人の定款と個人事業が抵触しないなら、問題ないのではないかと考えます。
定款の内容をしっかりと吟味ください。


税務署から租税回避などを指摘

については、理論構築を事前にしっかりとしてください。
或いは、設立前に、税務署に事前照会をするとより安心します。

文章の中に、税（社会保険を含む）を少しでも、やすくしたいという気持ちがにじみ出ています。
みな出費は少なくしたいというのが本音ですが。
大きな目的から考えて、税を相当納めるという考えも持ったほうが、より将来に伸びるとも思われます。