合同会社の資本金の入金について

発起人の口座に資本金としての払込金額300万円の入金があれば、150万円を2回に分けて払い込んでも問題ないと思います。
出資者が一人ではなく複数であれば、当然そのようになります。
ご質問は税理士の専門外ですので、念の為、司法書士にご確認ください。

預金通帳の記帳上、それぞれの名前が残るように全社員（代表者を含む）が引き受けた出資金額を振り込むことです。まとめて振り込むと、社員それぞれが引き受けた出資金額をきちんと振り込んだかわかりません。

ご回答ありがとうございます。また、お伝えする情報が不足しており申し訳ございません。

今回の起業は2名で行い、それぞれ300万ずつ、計600万を資本金として手続きを行う予定です。

その際に、社員Aは300万円を一括で入金、社員Bは150万円を２回にわけて入金した場合、資本金として認められるかをお教えいただけますでしょうか？

資本金が600万円であって発起人の口座に600万円の払込があれば認められると思いますが、先程も回答した通り司法書士の専門となりますので、司法書士か法務局にお問い合わせ下さい。