青色申告をしている自営業者です。会社に勤めることになったのですが青色申告の仕方が分からなくなりました

通常会社に入った時、どの期間にかは分かりませんが、会社の方が確定申告(?)

ではなく、年末調整です。

、自分の事業がまだあるので私は青色申告もしないといけません。
その通りです。
その場合、ダブルブッキングしてしまうと思うのですが大丈夫でしょうか。

しません。
まったく別のものです。
会社に何か伝えたり書類をもらったりしなきゃいけないですか？

年末調整後の源泉徴収票のみです。

・会社に自分の方で確定申告をやるからと言っておかないと駄目ですか？

必要ないです。
・青色申告の際に会社からどのような書類が必要か

上記記載。

ご回答ありがとうございます。
年末調整後の源泉徴収票というのは、勤めているだけで、何月かに自動的に貰えるのでしょうか？

また、いままでは区役所にいき国民健康保険の支払いの証明書、年金事務所にいき国民年金の支払い証明書をそれぞれ頂いて、青色申告してきたのですが、社会保険に加入した場合はそれらは不要になるのでしょうか。源泉徴収票に書かれた社会保険料を証明書として使用すればいいですか？

年末調整後の源泉徴収票というのは、勤めているだけで、何月かに自動的に貰えるのでしょうか？
1-12で、年計算します。会社の義務です。年末調整は。もらえます。翌年の1.2月には。

いままでは区役所にいき国民健康保険の支払いの証明書、年金事務所にいき国民年金の支払い証明書をそれぞれ頂いて、青色申告してきたのですが、

会社で社会保険加入前の分は、今まで通りいただいてください。
それを会社に報告すれば、年末調整時に＋してくれます。

社会保険に加入した場合はそれらは不要になるのでしょうか。

上記記載。

源泉徴収票に書かれた社会保険料を証明書として使用すればいいですか？

＋しているのなら、記載の金額を確定申告書に書くだけです。
＋していなければ、確定申告書に＋して記載します。