損失の繰越控除

この場合、給与所得との損益通算により還付を受けれるとの認識ですが、会社にばれる恐れはありますでしょうか？

→会社にばれる以前の問題として、個人事業というのが副業であれば、おそらく過去分も含めて事業所得での申告は取り消される雑所得での修正申告を求められる可能性が高いと思います。
なお、確定申告のし直しではなく更正の請求という手続きになります。
更正の請求を提出しないと税務署がどう判断するかはわかりませんが、実際に会社員が副業を事業所得で当初申告し、更正の請求をしたところ事業所得を否認され雑所得とされた事例は多々あります。

ご返信ありがとうございます。
給与所得より副業の方が収入が多くなっているのですが、それでも事業所得として認められないのでしょうか？
何卒宜しくお願い致します。

過去の判例や裁決事例では、社会通念上事業と言えることが求められています。
社会通念上の事業とは、それに従事している時間が多くを占め生計の主要な財源がそこから生じているものと解せますから、会社の指揮命令下で会社の業務に従事している給与所得者は従事時間も生計の主たる財源も給与から得ていますので、副業が事業所得と認められる可能性は極めて低いでしょう。
私が知りうる事例でもネット販売の売上が給与収入の数倍でしたが、更正の請求をしたところ雑所得として逆に修正申告を言われていました。

国税不服審判所や裁判でトコトン争うつもりがあるのであれば、自己責任でご判断ください。

承知致しました。
ご丁寧にご説明いただきありがとうございます。