2社から収入があり、さらに副業する上での確定申告について

まず、2カ所から給与を受けていますので確定申告は必要です。
以下の①(3)に該当するからです。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tebiki2017/a/01/1_06.htm
なお、2の会社側で所得申告するという意味がわかりませんが、年末調整ができるのは1カ所だけです。
3は雑所得です。開業届は提出はできますが事業所得にならないので意味がありません。
また、雑所得は青色申告はできません。
なお、収入－経費がマイナスの場合でも、雑所得金額は0円でマイナスにはなりません。

前田先生

驚きのスピード回答！誠にありがとうございます。

・会社側で所得申告する
　→誰にいくら支払ったのかは、会社の経理担当が自治体に毎月申告する、というようなことを言っていました。（住民税の対応でしょうかね、、すみませんあまり理解できておらず、、）

・「雑所得であり、事業所得にならないので意味がありません。」という件
　→こちらの件、ちょっと調べたのですが、つまり48万円に満たないため事業所得にならず、青色申告ができないし、所得控除も得られない、という解釈で合っておりますでしょうか？


その場合、48万円以上の収入が出せれば、開業届けも出して事業所得として青色申告をし、所得控除が受けられる。ということになりますでしょうか？

会社員の副業は基本的に雑所得です。金額基準ではありません。
どうしても事業所得で申告したいのであれば、税務署に判断を仰いで下さい。
おそらく事業所得で良いとは言われないと思いますが。

そうなのですね、勉強になります、。
ご回答、誠にありがとうございました！