海外駐在妻、夫に帯同して行った国で働く場、夫の配偶者控除から外しますか。

　日本の非居住者の課税に配偶者控除はありません。
　社会保険に関しては扶養から外れる可能性があります。ただし、社会保険は社会保険労務士先生のお仕事の範疇であるため、税理士は専門外となりますので、会社の加入している社会保険組合の担当者の方にご確認ください。

非居住者扱いですが、日本の給料があるため、年末調整会社に出してます。

　 妻も一緒に移住しております。妻は日本の永住権を持っています。
　　⇒　非居住者は日本受取の給与があったとしても、日本の勤務がない場合は課税対象になりません（役員報酬は課税対象）し、仮にあっても「源泉分離課税」のため年末調整の対象にはなりません。
　　　会社が、国内での税負担と海外赴任による税負担の差額を計算するために必要とされている可能性があります。

　　　奥様の所得（収入）も、日本の国内源泉所得（※）に該当しないため日本での課税はありません。また、奥様の所得金額による日本の扶養（配偶者控除）の判断も必要ありません。
　　　なお、赴任地国の課税上の「配偶者の取り扱い」が不明なため、赴任地国の課税当局に確認されることをお勧めいたします。
　　　※　不動産の所在が日本国に場合は、日本での課税対象になります。
　
　　　前述のとおり、日本での税負担の計算のため「年末調整」の資料を提出している場合は、奥様の所得も「居住者」としての前提で計算する可能性があります。その場合は、扶養から外して計算する可能性があります。

　　　また、先に申し上げたように社会保険に関しては税理士の専門外ですが、配偶者の収入がありますと扶養から外れる可能性があります。
　　　いずれにしても、会社の方にご相談されてはいかがでしょうか。

本件、まず配偶者控除に関しては奥様の年収にかかわらず対象にとれません。
以下の国税庁のWebサイトの「所得控除の種類」の末尾に、「日本国内に住所などがない、いわゆる非居住者の場合の所得控除は、雑損控除、寄附金控除、基礎控除の3つです。」とあります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1100.htm

健康保険の方に関しては、健保組合によっても判断が割れると思われます。国内源泉所得のみで判定するのか、全世界所得で判定するのかが不明であるためです。
お手数ですが、健保組合に直接お問い合わせいただくことをお勧めいたします。