青色専従者と配偶者控除どちらがいい？

回答します。
問題はお父さんとあなた方家族は生計を一にしていますか。生計を一にしていましたら専従者給与しか給与の支払いは経費になりません。生計が別なら給与の支払いは経費になり専従者には該当しません。
国保は世帯全体の所得が算定基礎となります。世帯が一緒なら専従者になるしかありませんし、国保の算定は専従者給与を差し引く前の金額で計算されます。したがって同一世帯ならどのパターンでも変わらないです。
また、専従者は文字のごとく専ら従事しなければなりません。専従者の基準は年の半分以上従事する必要がありますので、その基準以内なら副業も可能です。

ご回答ありがとうございます。
実家に住んでいる為、両親と住所は同じものの、世帯に関しては別世帯で生計は一緒ではありません。となると専従者には該当しないので、発生する給与はアルバイトや社員と同じ様なもので経費から引けるという認識で合っているでしょうか？

また気になったのですが、(生計は別なので不可能かと思いますが)もし主人が父の専従者で、私が専従者じゃない場合、私を扶養している主人は配偶者控除を受けられるのですか？

そのとおりです。生計が別なので通常の給与です。所得税法第56条に生計を一ににする親族に支払う給与等は必要経費にならない規定がありますが、57条で特例として青色専従者給与が認められています。
したがって、本来は生計が一緒なら給与は認められない話です。生計が別なら専従者という規定もありません。
また、あなたの収入次第では、ご主人の配偶者控除又は配偶者特別控除は受けらます。