扶養控除申告書の提出:メインの方の収入が少ない場合(会社員と個人事業主の掛け持ち)

一般的には収入の多い方に出すケースが多いと思いますが、必ずしもそうしなければならないわけではありません。
最終的にはすべての収入を確定申告し年税額を計算・精算するため、扶養控除申告書の提出先が異なることで税金面で損得に差が生じることはありません。

また、フリーランスの契約先からの収入が「給与」でない場合には、そもそも扶養控除申告書を提出することはできませんので、その点も確認いただく必要があると思います。
いずれにしても、会社員でいらっしゃるのであれば、勤務先の会社に提出されるのが宜しいと考えます。

　自分が、主に働く会社という所に出せばいいです。
　あなたが、確定申告するのであれば、どっちにしても特に損得はありません。