扶養内勤務について

こんにちは。
まずお仕事の形態として雇用契約なのか請負契約等なのかをはっきりさせないことには正確なことは申し上げられません。
青色申告できる事業者であれば、青色申告特別控除を差し引いた後の所得で扶養の判断をします。その他の所得控除は適用前の金額で考えます。
例えば事業収入が130万円、必要経費が30万円、特別控除65万円であれば、所得は35万円ですので、扶養控除の対象です。

色々控除するものがあった場合、ただちに扶養外れるのではなく確定申告を待ってから扶養内か扶養から外すの手続きしても問題ないという認識で合ってるでしょうか

原則として年末調整の段階で正しく扶養控除等を適用することが前提ではありますが、控除の適用に誤りがあった際などには確定申告により訂正することができます。

収入ー必要経費の算式により計算した金額が４８万円を超える場合には扶養からはずれ、確定申告も必要となります。
医療費控除や障害者控除を差し引く前の金額で判定しますのでご注意ください。
また、青色申告のためには開業から一定期間内に開業届や青色申告承認申請書の提出が必要となりますので、ご自身が青色申告をできるかどうかをご検討ください。