住宅ローン控除について

住宅ローン控除は、年末調整を行う給与支払者の元で行います。

　年末調整は「扶養控除申告書」を提出した先でしか行えず、かつ、「扶養控除申告書」は1カ所（主たる給与支払者）にしか提出できないことになっています。

　「主たる給与支払者」は通常は収入の多い給与の支払者を選択していると思いますので、ご確認のうえ控除を受けるようにしてください。
　
　　蛇足ですが
　「主たる給与」以外の給与は「従たる給与」とされ、源泉徴収される所得税（源泉所得税）の額も「乙欄」を適用する事になっているため多額となっていると思われます。

補足です。
本業の傍ら副業をしており、副業での収入の方が多いです。この場合、経費を引いても所得が多い副業の方（確定申告）で、住宅ローン控除をする方がいいのでしょうか？

2カ所の一方は、給与所得ではないということですね。
　
　あくまでも私見となりますが、年末調整で控除を受けて還付になった場合、確定申告での納税額が増加することになるため、確定申告で控除を受ける方がよいように考えます。

　年末調整で行ってからも確定申告（確定申告書には住宅ローン控除は記載されます）をする場合であっても、年末調整で住宅ローン控除を行わず、確定申告で行っても結果は同じととなるため、どのようにされるかは自由となります。
　住宅ローン控除の2年目以降は、通常年末調整で行うといわれていますが、それは一般の給与所得者には他の所得がなく、年末調整で所得税の精算が完了するためです。
　そこで、他の所得があり確定申告をされる方は、先に年末調整で住宅ローン控除を行っても確定申告時には再度記載をしますので、年末調整で控除を行わなくとも結果としては同じとなります。
　年末調整で「住宅ローン控除をしなければいけない」わけではありません。

　人によっては「控除額などを給与支払い者が計算してくれる」として、年末調整時に行う人もいますが、
　副業などがあり、「先に年末調整で還付されると確定申告時には納税額が算出される（多く納めることになる）から確定申告でする」と考えられる方もいます。
　

　蛇足で申し訳ございませんが
　「経費を引いても所得が多い副業の方（確定申告）」と記載がありましたが、確定申告時には年末調整も行った給与所得など「全ての所得」と、年末調整時に行った「生命保険料控除」などの控除額も、改めて確定申告書に記載することなります。
　「住宅ローン控除」以外も「生命保険料控除」なども、年末調整時には控除を受けず確定申告時に控除を受けることも可能です。
　念のため追記させて頂きました。