住宅ローン控除を適用した際に副業はバレる可能性があるのでしょうか？

結論から申し上げますと、バレる可能性はあります。
住宅ローン控除は、次の順に控除されます。
①本業の所得税
②副業の所得税
③本業の住民税
④副業の住民税
もし、①本業の所得税＜住宅ローン控除額となった場合は、③本業の住民税から控除される前に②副業の所得税から控除されますから、副業をしていない場合とでは、本業の会社に通知される住民税の金額に差が生じます。
このことに本業の給与計算担当者が気づけば、副業がバレる可能性が出てきます。

回答ありがとうございます。

○○さんは○○円住宅ローン控除があります。

所得税○○
住民税○○ってわかるものなんでしょうか？

そこまで経理はチェックをすることがあるのでしょうか？

通常は住宅ローン控除2年目からは年末調整で行いますから、いくら住宅ローン控除を受けるかはその時点でわかります。
ただ、現在は大半の自治体で住民税の通知を行う際に圧着式の通知書を使用しており、副業所得があることや住宅ローン控除の内訳については、会社の担当者が見ることはできません(念の為お住まいの自治体にどのような通知書か聞いてみるとよいかと思います）
経理がチェックするかどうかはわかり兼ねますが、ふるさと納税や医療費控除等他の要素もありますので、住民税等に相当精通している方でないと副業を疑われる可能性は低いのではないでしょうか。
ただ、住宅ローン控除を受けることで、これまでよりはバレる可能性は少し高くなるとは思われます。

たびたびすみません。
圧着式の通知書というのは、会社から私がもらうもののことですか？

他の方の記事で圧着式の通知書の他に住民税（特別徴収）の一覧が届くというのも見たのですがそうなのでしょうか？

また、確定申告をすることで
①本業所得税
②副業所得税
③副業住民税
④本業所得税に　順番が変わるという記事も見ました。本当でしょうか？

また、副業の所得税がその順番で全て控除できてしまうと
特別徴収で会社に通知が行ってしまうのでしょうか？

>圧着式の通知書というのは、会社から私がもらうもののことですか？
はい。
>他の方の記事で圧着式の通知書の他に住民税（特別徴収）の一覧が届くというのも見たのですがそうなのでしょうか
はい。ただし、そちらには税額のみ記載されており、内訳等はわかりません。

また、おっしゃっるとおり確定申告時には、控除の順序が変わります。

>また、副業の所得税がその順番で全て控除できてしまうと
特別徴収で会社に通知が行ってしまうのでしょうか？
こちらはご質問の意味について理解不足で申し訳ありませんが、副業であるようなことがわかる形で通知されることはありません。
あくまで、税額の増減により担当者が違和感を覚える可能性があるということです。

>はい。ただし、そちらには税額のみ記載されており、内訳等はわかりません。
↑の額を見られて金額に乖離があった場合違和感を覚える可能性があるという認識で良いでしょうか？

副業の住民税の話でした、すみません。
副業の住民税が０まで控除されると普通徴収できないととある記事で見ました。
そうなるとどうなるのでしょうか？

雑所得なので仮にバレたとしても、FXでと誤魔化せばいけるものでしょうか？

>↑の額を見られて金額に乖離があった場合違和感を覚える可能性があるという認識で良いでしょうか？
はい。そのとおりです。

>副業の住民税が０まで控除されると普通徴収できないととある記事で見ました。そうなるとどうなるのでしょうか？
その場合でも、本業分の住民税のみ記載された通知書が会社へ届きますので、副業をしていることがそこから直接的にわかることはありません。

>雑所得なので仮にバレたとしても、FXでと誤魔化せばいけるものでしょうか？
こちらについてはノーコメントでお願いできればと存じます。
ただ、上にも記載しましたとおり、通常は圧着式の通知書となりますし、雑所得であれば申告書を見ても副業が何の所得であるかまでは判別はつかないかもしれません。