住宅ローン控除について

長期優良住宅の認定が外れるという前提で話しをすると
① このケースで住宅ローン控除の継続適用は可能か
⇒継続できない
② 長期優良住宅ではなく、一般住宅としての適用は可能か
⇒一般住宅としての適用不可
③ 税務署の判断が妥当かどうか
⇒妥当
となります。

①継続適用は、長期優良住宅の認定が維持されるか、取消しになるかで判断が分かれます。国交省の案内では、認定後に設計変更や増築・リフォームをする場合は、原則として計画の変更認定が必要で、軽微な変更なら変更認定不要のこともあります。また、長期優良住宅の認定基準は、床面積や用途だけでなく、構造・設備、維持保全計画、居住環境、防災配慮などで判断されます。したがって税務の前に、まず住宅法制上、認定が維持されるのか、取消しとなるのかをハッキリさせる必要があるかと思われます。
②国税庁のＱ＆Ａでは、長期優良住宅の認定取消しがあった場合はその取消しのあった年分以後、長期優良住宅の特例は適用できず、しかも残りの控除期間について一般の住宅借入金等特別控除の適用も受けられないとしています。
③国税庁のHP（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1213.htm）では「認定住宅の新築等に係る住宅借入金等特別控除の特例を選択した家屋について長期優良住宅の普及の促進に関する法律第14条または都市の低炭素化の促進に関する法律第58条の規定により計画の認定の取消しを受けた場合には、その取消しを受けた日の属する年以後の各年分について、この特例を含む住宅借入金等特別控除の適用を受けることはできません。」とされており税務署の判断は妥当と考えられます。

① このケースで住宅ローン控除の継続適用は可能か

税務署の判断が正しいように思います。
② 長期優良住宅ではなく、一般住宅としての適用は可能か

長期優良でとっているので、不可と考える。
③ 税務署の判断が妥当かどうか

妥当では。

https://www.kfs.go.jp/
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