父所有マンションを子名義のローンでリフォーム。持分1%贈与と代物弁済による税務リスクについて

難しい案件です。
一度近くの税理士会で相談ください。
よろしくお願いいたします。

ご質問の件ですが、以下回答させて頂きます。

1. 住宅ローン控除の適用範囲
住宅ローン控除は「自分が所有し居住する家屋」の増改築等に適用されます。着工時点での持分が1%の場合、原則として控除対象となるのは「リフォーム代金のうち、自己の持分（1%）に相当する額」のみかと存じます。
将来的に全持分を取得する予定であっても、工事・ローン契約時点での所有実態が重視されますので、390.3万円全額を子の住宅ローン控除の対象にすることは非常に困難（持分案分されるリスクが極めて高い）かと存じます。

2. 譲渡所得の計算
まず、現在の実勢価格(物件時価)がいくらかによります。
横浜ですと、最近の地価高騰で思ったほど土地代金などが下がっておらず当該物件の実勢価格(物件時価)が3,000万円程度だった場合、390万円というの売価は13%に当たります。
原価は土地建物の取得金額から28年分の建物の減価償却累計額を控除した金額となりますが、こちらが例えば2,500万円だった場合13%は325万円に当たります。
この場合は65万円(390万円-325万円)の譲渡益が発生する事になります。
そのため、譲渡益が出るか否かは当該物件の時価(売価)と原価(取得費-減価償却累計額)を比較する必要がございます。

3. 評価額の採用
代物弁済（不動産による債務の返済）は、税務上「有償譲渡」として扱われます。親族間の有償譲渡において、時価（実勢価格）ではなく「固定資産税評価額」を用いることは危険です。特に横浜市のマンションの場合、実勢価格（時価）は固定資産税評価額を大きく上回るのが一般的です。時価より著しく低い評価額で持分を移転すると「低廉譲渡」とみなされ、時価と相殺額の差額に対して子に贈与税が課されるリスクがございます。
代物弁済時の持分割合は、必ず「時価」ベースで計算する必要がございます。

4. 一連の計画による贈与税回避の件
「子がリフォーム代を全額負担し、後日父が代物弁済する」という契約書を交わせば、工事時点での「父への贈与」認定は回避できます
（税務上は、子が父へリフォーム代を貸し付けた・立て替えた状態になります）。
しかし、この費用を「父に対する貸付金（または立替金）」として処理した時点で、そのローンは「自分の家（持分1%）を改修するための資金」ではなく、「父の借金を肩代わりするための資金」とみなされます。
結果として、子の住宅ローン控除は（持分1%分を除き）一切適用できなくなります。

【まとめ】
「贈与税を回避しつつ、住宅ローン控除を全額享受する」ということを、事後の代物弁済というスキームで両立させることは、税務上は非常に難しいかと存じます。
住宅ローン控除を適法にフル活用し、かつ贈与税を防ぐためには、リフォーム着工前に、リフォーム費用（390万円）に見合うだけの持分（時価ベース）をお父様から適正価格で買い取るか、相続時精算課税制度などを活用して事前に十分な持分の贈与を受けておくなど、オーソドックスな事前の持分整理を行うことをお勧め致します。

以上となります。
今回の一連のお取引のご参考になりましたら幸いです。