【再掲】リフォーム着工前の「相続時精算課税」による持分贈与と住宅ローン控除について

ご質問の件ですが、以下回答させて頂きます。
【1. 住宅ローン控除の満額適用について（持分案分の壁）】
結論から申し上げますと、持分の一部（例えば41％）のみの贈与では、ローン控除の満額適用は受けられません。
増改築における住宅ローン控除の対象額は、原則として「リフォーム費用 × 自己の家屋（建物）持分割合」で計算されます。
したがって、390.3万円全額を控除対象とするには、着工時点で「家屋の持分を100％」自己所有している必要がございます。
＊前回の回答でこの辺の書き方が少し曖昧でしたのでこちらの回答を「正」と捉えて下さい。

【2. 贈与持分の算出基準について（評価額の妥当性）】
「贈与」において採用すべき基準は「実勢価格（時価）」ではなく「税務上の財産評価額（建物は固定資産税評価額、土地は路線価等）」となります。
代物弁済や売買等の有償取引では時価が基準（低廉譲渡リスク）となりますが、純粋な贈与であれば、固定資産税評価額等をベースに計算して全く問題ございません。

【3. 手続き上の留意点と実務的な最適解】
相続時精算課税制度をお考えという事ですので、上記1と2を踏まえた実務上の最適なアプローチは、「着工前に『建物のみ100％（約551万円）』を相続時精算課税制度で贈与する」事かと存じます。
建物の評価額551万円であれば、同制度の特別控除枠（2,500万円）に十分に収まるため贈与税は発生せず、かつ「家屋の100%所有者」となるため、住宅ローン控除も満額適用が可能となります（リフォームは建物に対して行うものなので、敷地権の移転は必須ではございません）。

＜ 注意点（申告要件）＞
・相続時精算課税制度を適用するには、贈与を受けた翌年の2月1日から3月15日までに、税務署への「贈与税申告書」および「相続時精算課税選択届出書」の提出が必要となります。
期限を1日でも過ぎると通常の暦年課税として贈与税が課されるため、ご注意下さい。
・相続時清算課税制度は生前の贈与時には2500万円まで無税となりますが、相続時には当該贈与額が相続財産に加算される事になるため、将来相続財産が基礎控除額を超える場合には、基本的には相続税が発生する事になるため、制度を利用される際はその点もご検討頂きご判断下さい。

以上となります。
今回の一連のお取引のご参考になりましたら幸いです。