住宅ローン控除と副収入について

　二箇所から給与がある場合、「主たる給与」を受けている会社で年末調整をしていても、「従たる給与」の会社では年末調整ができません。2つの収入を合算し総額で所得税を計算して、正しく公平に納税するために、確定申告をしなければなりません。二箇所以上からの給与がある人でも、確定申告の必要がない場合があります。「従たる給与」が年20万円を超えない場合、確定申告は必要ありません。
　質問者の場合、住宅ローン控除の確定申告を行うということなので、副業の収入が20万円以下であっても、全ての所得について申告しなければなりません。申告不要は適用されません。
　給与の支払者は、給与支払報告書（中身は源泉徴収票と同じ）というものを、市町村に提出します。その内容は税務署も知ることになるので、後日、税務署から連絡があり、ペナルティーも含めて追徴される場合があります。