住宅ローン控除について

不備の内容によりますが、いきなり追徴課税となる訳ではなく、まずは勤務先へ税務署から確認の連絡があるかと思われます。その結果、納税に不足額がある場合には不足額の納付及び不納付加算税や延滞税等が発生する可能性がございます。
年末調整につきましては勤務先で再調整が可能でありますが、ご自身で確定申告を行うことも可能でございます。

以上、お役に立てますと幸いでございます。

ご回答ありがとうございます。そもそも住宅ローン控除の間違いは何がきっかけでわかるのでしょうか？よろしくお願いいたします。

どのような不備でしょうか？
提出書類（添付書類）と年末調整の記載事項との相違であれば記載事項の不備として処理されるかと思われます。

ご回答ありがとうございます。住宅ローン控除には申請書と残高証明書を出しますが、例えば、申請者が給与担当者に間違った内容で提出してそのまま給与担当者が処理してしまった場合に税務署で間違っていることが気が付くのでしょうか？よろしくお願いいたします。

提出書類間で矛盾がある場合や、間違った内容によりましては、税務署の方で誤りが判明することもございます。提出後に誤りに気付かれた場合には適切な訂正をされますことをお勧め致します。

ありがとうございました。大変参考になりました。