e-tax 確定申告 医療費控除について

e-Taxで添付が不要であっても、医療費控除の明細書に記載した領収書や通知書は5年間保管する義務があります。
以下、ご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1119.htm

マイナンバーカードを読み取った際に、1年間で使った医療費が自動で入力され、医療費控除の明細書が作成されます。
確定申告の作成アプリのfreeeというサイトには、上記の申請方法だと領収書の保管義務は無いと記載されていました。

マイナポータルに掲載された医療費通知情報を取り込んで電子申告したということですか？
その場合は医療費通知情報に含まれる分の医療費の領収書及び通知書の保存は不要です。
e-taxでマイナンバーを使って・・・、e-taxの場合、利用者識別番号での申告の他、マイナンバーカードを使って電子申告ができますので、当初にご記載の文面から上記のマイナポータルとの連携という認識ができなかったので、先の回答をしております。