医療費控除申請について

ご主人の日本での居住形態や日本国内の収入などの状況が分かりませんので、ご主人は国外に住み、日本国内には収入がないものとして回答します。奥様は国内に住所がありますので、納税義務を負うことになります。株式の譲渡が特定口座の源泉ありですから、申告分離課税として申告は不要です。しかし、株式の譲渡以外の収入がなかったとすれば、確定申告により扶養控除や医療費控除を受けることができ、税金の還付を受けることができます。確定申告をするためには、証券会社から特定口座年間取引報告書（株式の譲渡収入、その取得価額や源泉徴収額の記載あり）の交付を受けて確定申告を行ってください。なお、確定申告については、国税庁のＨＰから所得税の確定申告書作成コーナーを参照してください。次に、ご主人の扶養から外れるかですが、株式の譲渡を申告分離課税で済ませる場合は、配偶者控除の対象になります。ただし、奥様が株式譲渡の確定申告を提出して税金の還付を受ける場合は、配偶者控除を受けるための要件である所得金額（株式譲渡利益金額）が38万円を超えますので、配偶者控除を受けられません。これはご主人が日本で納税義務がある場合です。簡単に回答いたしましたので参考にしてください。

ご主人様は非居住者に該当するのではないかと考えます。
公務員など特殊な職業の方を除き、一般の会社勤務の方であれば、一年を超えて出国する場合は非居住者として取り扱うものだと考えます。
また、株式の譲渡につきましては、申告分離ではなく申告不要の場合には所得ゼロとなります。
申告分離とは他の所得と区分して申告する方法です。
ご主人が非居住者である場合には、配偶者控除は受けられない事になります。
もう少し、情報を頂ければ幸いです。
特にご主人が居住者か非居住者かの違いです。