確定申告:同じ会社から2枚の源泉徴収 (甲乙)、医療費控除がある場合の確定申告
転職はなく、同じ会社で働いております。該当年の締め切りまでに、年末調整の申請書の提出が遅延してしまい、その後提出。最初の2ヶ月は乙、残り10ヶ月は甲の源泉徴収票が存在。ただし、医療費控除は年間を通して存在。この場合、確定申告時、甲乙の両方で入力すべきでしょうか。乙のみで年間の医療費控除を入力した試算と、甲乙と年間の医療費控除を入力した場合と当然ながら還付金が異なります。
eTax方式、PC画面では、「給与の支払者(勤務先)は2か所以上である※ 「給与所得の源泉徴収票」が2枚以上ある方」とあり、支払者は1箇所だが、源泉徴収が2枚以上あるは該当するので、正しく理解したく相談いたしました。
よろしくお願いします。
税理士の回答

甲欄と乙欄の違いは源泉徴収税額の算出方法にあるだけで、昨年末に年末調整ができておれば源泉徴収票が2枚になることはないはずです。
ですが、実際に2枚の源泉徴収票が2枚交付されているということは年末調整未済だということだと思いますので、別々の支払先の給与が2箇所あるとして入力するしかないと思います。
※源泉徴収票に年末調整未済との表示の有無と、源泉徴収票に記載されている源泉徴収税額は1円単位まで記載されているか、百円単位となっているかを確認してください。
早急にご回答頂きましてありがとうございました。ご指摘の通り、年末調整済み、未済の2枚が存在します。これは、念の途中で年末調整の申請を会社に提出したためで、1-2月は未済、3-12月は年末調整済み、の2枚になっています。ですので、ご回答頂いた通り、
別々の支払先の給与が2箇所あるとして入力
ということで進めようと思います。
本投稿は、2020年04月05日 18時52分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。