休眠会社の確定申告について

　　回答します。
　
　　法人は、個人と異なり、仮に休業（休眠）していたとしても申告義務はあります。そのため赤字であっても申告する必要があります。
　　確定申告をしない又は遅れることによるペナルティは、赤字であれば延滞税加算税はかかりませんが、法人の青色申告を取り消されることがあります。（2期続けて期限後の場合はほぼ取り消されます）

　　そうしますと、青色申告の特権が無くなります。
　　一番身近な特権は「欠損金の繰越」ですが、この特権が使えなくなります。白色申告の時は、前期赤字（欠損）であっても翌期に黒字（所得）が生じたときには税額が算出・納税となりますが、青色申告の場合欠損が発生した時は欠損金を翌期以降に繰り越し控除が出来ますので、その分節税となります。

休眠という法律上の定義はありませんので、休眠していても決算と確定申告の義務はあります。
青色申告の取消しなどのペナルティが考えられますが、ペナルティがあるないに関わらず、法人は決算と確定申告をしなければいけません。
また、自治体によっては休眠の届出をしないと法人住民税の均等割額が発生し続けます。

ご回答ありがとうございます。

重加算税、延滞税や、売上金の隠蔽などに当てはまることはないでしょうか。

知り合いの税理士には実質休眠をして、そのまま12年間放置して自動解散させれば問題ないと言われております。

法人税等が発生しなければ延滞税等も発生しませんが、先の回答の通り休眠中でも決算と確認申告の義務があるということです。
知り合いの税理士の助言を受けているのであれば、それで良いのでは？
私はそのような無責任な助言はしませんが。
後はその税理士にご相談ください。以上です。

　　回答します
　　
　　売上金の隠ぺいなどは問題でしょうか、税額の発生などがない場合は加算税や延滞税は生じません。

　　税務上ではありませんが、長く休業して、登記などもしないと株式会社などは職権で「解散」となってしまいます。
　　その場合は、税務上も「解散」となり、事業年度が一旦切れる可能性があります。

　　また、休業して何もしなかった場合・・・資料などが四散してしまい決算の続きが不明となるケースも散見しています。
　　なお、休業している時は便宜上「異動届出書」を利用して休業中であることを提出したうえで、毎年申告はするようにしてください。
　　休業中の時は、法人市民税も免除するような自治体もあると聞きます。念のため管轄の市区町村や都道府県にお尋ねください。