学生勤労控除について

バイト収入が98万円を超えているにもかかわらず、バイト先に「勤労学生控除」を受ける旨の届出をしていなかったものと思われます。
住民税の問題ですので、バイト先から発行された「源泉徴収票」を持って、市役所の市民税課で住民税の確定申告をすれば、市県民税の通知が取り消されます。

息子が税務署に行き、申請をしたのですが、市県民税は少し控除されましたが、大学の給付金も、10月から全額給付ではなくなってしまうようです。
実際1004000円働いてしまってるので、仕方のないことなのでしょうか？

給付金等には一定の基準というものがあるため、基準を超えることのないよう、あらかじめ注意しておく必要があります。それを守らなかったのは自己責任と判断されます。