源泉徴収税を「仕訳帳」と「確定申告書B 第二表 所得の内訳」に記載しております。本文に詳細を記載して

１．現在の処理で問題ありません。
２．売上の金額は源泉税込みの金額になりますので、54,000円で計上する必要があります。
３．給与所得に関しては仕訳帳に記載する必要はありません。申告書に記載するだけで大丈夫です。
以上、宜しくお願いします。

服部様

ご回答くださりありがとうございます。
3ですが、昨年度の確定申告の際には、仕訳帳に、給与振込の所得を仕訳帳にいれてしまいました。（源泉徴収は含めず処理したため次のように仕分けました。）

普通預金 600,000 売上高 600,000

仮に3の給与所得を含めて申告した場合は、自分の所得を多く申告しているため、余分に税金を支払うだけで済むのかなという理解でおります。（一番懸念しているのは少なく申告してしまっていて、追徴課税が発生してしまうことです。）

仮に、今年の確定申告の際に、修正申告できるようでしたら修正申告しようと思います。

但し、昨年度は例外的で年間で90万円程の給与所得しかありません。
そのため、修正申告する手間のことを考えると、余分に税金を払うだけなら、そのままにして、2017年度からは、給与所得は仕訳帳に含めないという運用を考えております。

度々で恐縮ですが、ご意見賜りたく存じます。
宜しくお願い致します。

ご連絡ありがとうございます。
給与は給与所得として別計算（給与収入-給与所得控除額 の算式で計算）しますので、結果的には過大申告になっていると思われます。
過大申告の場合には仮にそのままであっても税務署から問題視されることはありません。
なお、納め過ぎの税金があって還付の申請をする場合には、「更正の請求」という手続きになります。
宜しくお願いします。

ありがとうございます。
給与所得を別計算にするのとしないのとでは大きく税額が変わってきたため
非常に助かりました。