地代家賃の按分は仕訳の時点から？（会計システム使用）

どちらの仕訳でも問題ありませんので、記帳しやすい方を選択すればよろしいかと思います。
懸念されているのは、一旦総額を地代家賃／事業主借と仕訳して家事使用分を事業主貸／地代家賃とすると、事業主貸と事業主借が膨れ上がるが良いのか？ということかと思いますが、年末時点で事業主貸と事業主借を相殺していずれか多い方だけを表示することも出来ますし、当年期末の事業主貸と事業主借は翌年期首の元入金に吸収されて精算されてしまいますから、それほど深刻に考える必要はありません。

早速のご回答、どうもありがとうございます！
どちらでも大丈夫とのこと、安心しました。

すみません、ちなみに「年末時点で…相殺して表示してもよい」とはどのようにするのでしょうか？また、これをやらなくても特に問題ないということですね？おっしゃる通り、額が膨れ上がった印象になってしまってびっくりしたものですから。

例えば、年末時点で事業主貸が100万円、事業主借が80万円であれば決算整理仕訳で（借方）事業主借80万円／（貸方）事業主貸80万円とします。その結果、貸借対照表には事業主貸20万円（借方100万円－貸方80万円）のみが表示され、事業主借は0円（貸方80万円－借方80万円）になります。
勿論やらなくても構いません。先の回答の通り翌年期首には元入金に吸収されて精算されていまいますので。（翌年期首の元入金は、前年期末の元入金＋青色申告特別控除前所得＋事業主借－事業主貸）
要するに年内に一部を精算するか、繰越し処理で翌年期首に精算するかの違いしかありません。

重ね重ね、丁寧なご説明に感謝いたします。
学ぶことが多く、このような機会があり本当にありがたいです。ありがとうございました！