処理ミスの支払調書への対応について

①取引先の対応は法的に問題ないでしょうか？

間違いです。
②取引先の担当者から支払調書の金額分だけ確定申告することをすすめられましたが、業務も支払い（振込み）も完了しているので、やはり11・12月分を足した金額で申告すべきでしょうか？

支払調書ではなく、正しい金額での申告が必要です。
③実際の金額（単発＋11月・12月分）で2024年分の確定申告した場合、2024年の11・12月の分が加算された支払調書が税務署に提出された2025年度の確定申告も実際の収入額で申告すれば問題ないでしょうか？

支払調書と確定申告の数字は違っていても問題はない。
通常ずれることがおおいいです。
ずれたり、違ったりした場合には、支払調書の数字で申告してはいけない。
宜しくお願い致します。
今回のばあいには、

取引先の担当者から支払調書の金額分だけ確定申告することをすすめられましたが

上記の勧めは違法です。売り上げの過少申告の勧めです。問題があります。

ご返答ありがとうございます。
取引先の対応に不安を感じていたので、確認ができて安心しました。
確定申告では実際の収入金額で申告いたします。
本当に助かりました。