立替えて支払ったお金を私の収入として申告されていました。

前提を整理すると、下記かなと思いますが、違っていたら教えてください。
①事業を営んでいる知人から相談者様に作業の依頼
②作業を遂行するために、一部友人・工事業者へ作業を外注、備品を購入
③知人へ納品し、請求した金額が相談者様の口座へ入金

＞私の収入として確定申告したと言われました。

知人が、相談者様への外注費の支払いとして帳簿や決算書に相談者様の氏名を記載したという意味かと思います。

＞今まではラインで金額を送っていたのですが、遡って今までの分の請求書を手書きで出してほしい。

知人としては、請求書を受領・保存し、経費の証憑にしたいのだと思います。

＞作業は時給や1時間での計算にはしないで書いて欲しい。

時給換算等にすると給与の支払いになってしまい源泉徴収の絡みが出てくるので、あくまで外注費として処理したくて記載しているものと思います。

＞その業界に携わりノウハウを経験したかったので私自身は無償で作業したり、雑用を手伝っていました。

知人からお金を受領しているので、結果として有償になっています。

＞またいつも頼まれいた作業内容が違うため、いろんな人にお願いしており誰にいくら払ったかは全ては分からない状態です。

相手から受領した請求書・領収書は保管されていないのでしょうか。
預金口座からの支払いであれば口座の振込履歴を追っていくしかないと思います。

相談者様の状況をより詳しく聞かないとわかりませんが、
相談者様も確定申告が必要な状況と思われます。
知人からの入金が売上、各業者への支払いが必要経費となります。
確定申告をされる場合は、
マイナンバーカード、領収書・請求書・銀行口座コピー、その他参考になりそうな資料をお持ちの上、最寄りの税務署にご相談ください。