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所得税0円->0円修正での住宅ローン控除の適用

会社員で住宅ローン控除を年末調整にて通常年は行っておりますが、昨年度においては休職をしていたため所得が少ない状態でした。
医療費控除、老年扶養2人を適用するための確定申告を行い所得税の課税所得が0円となりました。住宅ローン控除14万円分は所得税0円のため控除はなく、住民税での控除になると思っていたが6月の住民税決定通知には適用がありませんでした。
区役所に確認したところ、「住宅ローン控除は所得税で控除された差額が住民税の控除となる制度のため、所得税で控除されていないので差額なしということで住民税の控除にはならない」とのこと。
その後、老年扶養の2人のうち1人が年金額が多く扶養対象から外れることが発覚し確定申告の修正申告を行った結果、課税所得が28万円発生し税額1.4万円が住宅ローン控除の適用により結果、納税額0円となる。
税務署側では納税額が0円→0円修正申告は受付できないため、区役所側で修正手続きができるので区役所に相談してくれとのこと。
区役所側は税務署より確定申告の結果が流れてこないには何もできないため税務署に確認してくれとのこと。
この場合どうすればよいのでしょうか?

税理士の回答

この場合、**「更正の請求」または「修正申告(住宅ローン控除の適用を明示)」**が必要です。
• 「0円→0円だから不要」と言われても、内容的には住宅ローン控除を使ったか否かで住民税控除額が変わるため、修正は必要。
税務署には「所得税額に変動はないが、住宅ローン控除の適用額に変動があるため、住民税控除に影響が出ます。更正の請求(又は訂正申告)を受け付けてほしい」と伝えるべきです。
税務署が受理しない場合、「住宅借入金等特別控除額の計算明細書」を添付した修正申告書を紙で提出して、住民税に反映させるのが確実です。

ご回答ありがとうございます。
補足ですが、修正申告は行ったのですが、税務署担当者の話では「e-tax」でも「書面での提出」でも大手町のセンターシステムでの処理となるため、センター側で「0円→0円修正」は受け付けられない、エラーになるという話でした。
税務署担当者ではどうしようもできないので区役所側に相談してくれということでした。
区役所側も税務署からの修正申告がデータで来ないとどうしようもできない。書面での修正手続き等はできないの一点張りでした。
そのためどうしようもできなくて困っている状態です。

※「住宅借入金等特別控除額の計算明細書」は住宅ローン控除初回の時に提出する書類ですか?
数年前の確定申告で提出したものを再度取り寄せて区役所に修正申告書とともに添付するということですか?
区役所窓口には修正申告書のみで書面でもっていっていますが、税務署経由でデータでもらわないと処理できないということでした。

最初の確定申告で使わなかった住宅ローン控除が修正とか更正で使えるということなら、1回老年控除1人を外して修正申告して納税して、つぎに住宅ローン控除を更正で出してみたらどうですか。

回答ありがとうございます。
>1回老年控除1人を外して修正申告して納税して
昨年は定額減税2人分6万円の還付があるので、結果的に納税額は0円になると思います。

本投稿は、2025年08月16日 12時17分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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