確定申告へのお尋ね

自ら修正申告されてもよろしいかもしれませんね。その際は、税務の常識を知るためにも、最寄りの税理士の方に見ていただく、少なくとも相談されたうえで申告されてもよろしいのかと存じます。自発的に出せば、まだ、この段階であればペナルティも軽減されますので。

具体的に科目を特定して内容確認が来ているとなると、安易には考えない方がよいですね。
ご質問のお尋ねは「税務調査」の通知とは違うと思いますので、行政指導の一環と思われます。その時点での修正申告は「自主修正」となりますので、加算税が免除されると思われます。
「お尋ねを頂いてから申告内容を確認したところ、計算誤りがあったので自主的に修正申告をします」として自主修正を行った方が宜しいと思います。

ありがとうございます。修正申告は自分でまた申告しなおすのですか？それとも税務署のほうで修正してくれるのでしょうか？

加算税は免除ではなく、軽減されますね。
念のため。
自分で申告しなおすことになります。税務署に相談にいき、一緒に直すこともありますね。ただ、不利な扱いになる恐れもあります。

ご連絡ありがとうございます。
修正申告はご自分で申告する必要があります。
税務調査の事前通知を受ける前の自主的な修正申告であれば、加算税は免除されます。
下記サイト(2)の(注)をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/m/taxanswer/2026.htm