会社員時代の給与所得は確定申告時に含めるのか？

確定申告は５月までの給与所得と４月以降の事業所得を合算して計算する必要があります。
給与所得に関しては源泉徴収票から、事業所得に関しては収支内訳書(青色決算書)から、それぞれの所得金額を確定させて確定申告書に記載します。
なお、給与から源泉徴収されていた源泉税は納税額から差し引いて計算します。

給与所得者（つまり、サラリーマン）であれば、年末まで勤務されていた場合は、会社で年末調整が行われ、通常、課税関係は全て終了します。
ご質問者の方は、IT企業で勤務されていた給与収入について、年末調整が終わっておらず、またその後に事業としての収入が発生していますから、給与は源泉徴収票に基づき、確定申告書類に記載する必要があります。（申告することで所得税の還付を受けられる場合もあります。）
ただ、今年開業されたとのことですので、今年中に税務署に届け出ることでの特典もありますから、最寄りの税務署にご相談されることをお勧めします。