社員 確定申告での所得はどちらですか？

税務は実態で判断します。時間的拘束があり会社の指揮命令で動く場合には給与となりますが、従来通り請け負いとして仕事を受ける場合には事業所得で宜しいと考えます。

早々に返答を頂き、本当にありがとうございます。一つ補足として質問してもいいですか？他の社員の方は所得税を引かれているようなのです。来月末に初めて支払いを受けるのですが、その時に所得税がもし引かれているようであれば、それは給与所得として申告しないといけないですか？
お願いします。

会社は作業工賃とするので確定申告では事業所得で良いと言っているとのことですから、恐らく給与の源泉徴収票ではなく報酬の支払調書を発行してくれるのではないかと思います。
その場合には事業所得で問題ありません。
万一、給与の源泉徴収票を発行されたら、報酬の支払調書に差し替えて貰うと良いと思います。

分かりやすく説明して頂き、理解する事が出来ました。お忙しい時期に本当にありがとうございます。