確定申告書の控えについて

控えに受付印が付いていないのですが、

提出時に控えも一緒に提示したのにもかかわらず、税務署が受付印押印をし忘れたのであれば、その旨を申し出れば押印してもらえると思います。
ただし、現時点で大量に提出された申告書からご質問者様の申告書を探すのは困難ですので、時間がかかる可能性はあります。
それでも、早めに申し出たほうが良いでしょう。

提出時に確認すべき事だったと判断致します。残念ですが今から受領印は難しいと思います。
念の為、所轄の税務署にご相談されたら如何でしょうか？