法人と個人事業主について

確定申告(事業所得と給与所得を併せて)をすれば問題はないです。
ご質問者様が身内の会社の代表取締役であっても確定申告をすれば問題はありません。

代表取締役社長でも役員でも、会社法上は個人事業主の兼任は問題ありません。
おっしゃる通り、所得税法上は確定申告をすればいいのですが、法人税法上は、同じ業種となると税務調査などありますと指導事項となる可能性が高いと思われます。

取締役に対する業務委託は役員報酬と認定される可能性は非常に高いと思います。
なお、定額の支給でない場合には、定期同額給与、事前確定届出給与のいずれにも該当しないものの額は損金の額に算入されません。

皆さま、ご回答いただきありがとうございました。
結果的には大丈夫なのかどうかわかりませんでしたが大森先生のご回答が分かりやすかったのでベストアンサーに選ばせていただきました。