特定口座の株の利益を申告してしまいましたが修正申告は可能ですか

特定口座の譲渡益を申告するかしないかは納税者が選択することができることになっています。
相談者様の場合には申告することを選択されたことになりますので、一旦選択したものを取り消す(修正する)ことは残念ながら出来ないものと考えます。

特定口座における譲渡所得等については、確定申告に含めることを選択できることとされていますが、一旦、確定申告に含めてしまった後は、残念ながらその後の更正の請求や修正申告を行う場合にこれを除外することはできないこととなっています。

特定口座といいましても、いわゆる特定口座（源泉徴収あり）と特定口座（源泉徴収なし）があります。ただし、特定口座（源泉徴収なし）の場合、原則として確定申告を必要としていますので、質問者さんの口座は特定口座（源泉徴収あり）と推測できます。特定口座（源泉徴収あり）の場合、売却益に対して課される所得税・住民税は金融機関が源泉徴収して納付するため、本来、確定申告は不要です。それをあえて自ら申告を選択してしまったことになるため、残念ながら、それを後から取り消すことはできません。

ご回答ありがとうございました。みなさん同じ回答ということで、納得出来ました。