確定申告を2回にわけることは可能ですか

医療費控除の還付申告（更正の請求）は、法定申告期限から５年以内であればいつもで可能です。

当初申告（副業）に源泉徴収票を添付していれば、更正の請求を行う際に、再発行した源泉徴収票の添付は不要と思いますが、念のため、当初申告を行う際に、申告書と併せて、源泉徴収票のコピーを手元に残しておいて頂ければと思います。

以下国税庁サイトもご参考にしてください。
＜国税庁サイト【申告が間違っていた場合】＞
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/qa/07.htm

年末のお忙しいところを、丁寧かつ迅速にご対応いただき、本当にありがとうございました。医療費控除の申請は主人に任せることができず、しかし私も2月中旬より臨月に入る為、悩んでおりましたが、これで安心して出産に望めます。落ち着いたら申請に参ります。

すみません、追加で質問なのですが、住宅ローン控除も受けている為、源泉徴収税額は0円です。しかし、区役所に聞いてみると市県民税の住宅ローン控除額が変更になるので申請する意義はあると教えていただきました。
もし、今回の確定申告期限内に医療費控除の申請をしなくとも、この「市県民税の住宅ローン控除額が変更になる」というのは適応されるでしょうか?

年末調整で住宅ローン控除を受けられているのであれば、自動的に住民税の調整（所得税で引ききれなかった金額を翌年の住民税から控除）されるようになっていますので、医療費控除の更正の請求とは無関係の筈ですが、一応、お住いの市役所等にご確認お願いいたします。

ご参考＜総務省HP＞
https://www.soumu.go.jp/main_sosiki/jichi_zeisei/czaisei/czaisei_seido/090929.html

迅速にご回答いただき、本当にありがとうごさいました。大変助かりました。