父死去で代表者が母に変更。母名義の届出書未提出のため簡易課税制度は認められないと言われました。

①昨年は仕入れを抑えていたため、簡易課税→原則課税制度にした場合、消費税額が６倍に跳ね上がるが救済策はないか。

ありません。
②赤字だったため、経費は一部記入せず提出したが、原則課税制度適用だと、棚卸高によっては、黒字になるため、今更経費を水増ししてもよいか。（経費の領収書はすべてそろっています）


水増しではなく真実なので・・・良い。
②売上、仕入れは帳簿を細かくつけているが、期首棚卸、期末棚卸高は帳簿がない。ざっくりとした金額でいいのか。その際、税務署から根拠等調査されるのか。

調査される場合がある。②をした際には・・・可能性がある。
③「軽減税率制度導入に伴う簡易課税の事後選択」は適用できないか。つまり今から2019年分を簡易課税制度にしてもらえないのか。

期限が過ぎている。
来年度からするか？
7/1からできる場合がある。明日行けば、7/1からできる方法がある。
最低でも明日が期限です。
すぐに税務署に相談すること・・・。

下記のように課税期間を短縮して・・・7/1から簡易課税の選択をします。
明日が期限です。
申告が面倒ですが・・・2年間は、3か月ごとに申告します。

課税期間は、個人事業者については1月1日から12月31日までの1年間であり、法人については事業年度とされています。
 ただし、特例として、届出により課税期間を次のとおり3か月ごと又は1か月ごとに短縮することができます。
 個人事業者が課税期間を3か月ごとに短縮する場合には、1月1日から3月31日まで、4月1日から6月30日まで、7月1日から9月30日まで、10月1日から12月31日までの各期間を課税期間とすることができます。
 また、個人事業者が課税期間を1か月ごとに短縮する場合には、1月1日から1か月ごとに区分した各期間を一つの課税期間とすることができます。
 法人が課税期間を短縮する場合には、事業年度の初日から3か月又は1か月ごとに区分した各期間を一つの課税期間とすることができます。
 課税期間の特例の選択をするためには、「消費税課税期間特例選択・変更届出書」を原則としてその適用を受けようとする短縮に係る各期間の開始の日の前日までに納税地を所轄する税務署長に提出することが必要です。
 なお、課税期間の特例の適用を最初に受ける場合には、年又は事業年度開始の日から適用開始の日の前日までを一つの課税期間として確定申告をしなければなりません。
 また、事業廃止の場合を除き、課税期間の特例の適用を受けた日から2年間は、課税期間の特例の適用をやめること、又は3か月ごとの課税期間から1月ごとの課税期間へ若しくは1月ごとの課税期間から3か月ごとの課税期間への変更をすることはできません。