副業での確定申告時に本業の収入も申告して納付する所得税総額が決まる違和感...

1.確定申告は、すべての所得を含めて申告します。本業の給与所得で控除された源泉所得税は、確定申告書において計算された総所得についての所得税から控除されます。二重にはなりません。
2.上記１．と同じになります。

回答します

　疑問１の回答
　　本業（給与所得で、年末調整済み）も含めて源泉徴収されている所得税は、年間の所得税から控除されていますので、二重に収めている事にはなりません。

　疑問２の回答
　　全ての所得（本業・副業とも）を合算して確定申告をする必要があります。

　所得税のしくみと考え方について説明します。

　個人の所得税は、分離課税とされる預貯金の利子所得などを除き、その年中に各人に帰属する全ての所得を「総合」し、その所得の総額から基礎控除額や扶養控除額などの所得控除額を差し引き、その残額を税率を適用して課税する、「総合課税」が採用されています。
　なお、各所得はその収入の特性により、事業所得・不動産所得・給与所得・一時所得・雑所得などに区分され、その所得の特性により「所得金額」の算出方法が異なっています。
　
　そして所得税は、累進課税を採用しているため、「課税所得金額」が大きくなるほど税率は高くなりますので、複数の所得を有する個人方はその分税負担が増える仕組みになっております。

　また、各所得には給与所得を含め源泉徴収がされる所得（収入）があります。源泉徴収は「所得税の前払い」的な要素がありますので、申告納税額を算出する時は、その源泉徴収された所得税（源泉所得税）額を、先に税率を掛け算出した所得税額から控除することになっています。

　なお、給与所得者の場合も、総合課税や申告納税の建前に従って所得税の課税が行われることになりますが、多くの給与所得者は給与以外に所得がない場合がありますので、年末調整により申告納税の手数を省くような制度となっています。
　貴方の場合は「給与所得」の他に「副業」にかかる所得があるため、申告納税が必要となった次第です。
　※副業が給与所得であった場合も、「年末調整」による所得税の精算は、本業の方でしかできませんので、申告納税をすることになります。

米森まつ美先生の回答で、充分ですが、
それ以上のことは、アドバイスとしては、ありません。
でも、
ひとつ気になることがあります。
本業分の差し引かれた源泉税は、最終計算で、差引しましたでしょうか？
し忘れている場合には、もう一度税務署に行って、戻してもらってください。
そこのところを確認してください。
よろしくお願いいたします。