ドル建て口座にて仮想通貨出金の場合の確定申告について

ＦＸ取引は為替の変動で儲けるシステムですので、為替差益が発生した段階で「雑所得」になります。為替差益は通貨同士の交換によって発生するもので、事業用での通貨交換でなければ、「雑所得」に該当します。

ご質問の場合、通貨の流れは次のようになるかと思われます（説明が不完全なので想定部分があります）。
①日本円→ＵＳ
②ＵＳ＄→ＦＸ対象通貨（通貨不明）
③ＦＸ対象通貨（通貨不明）→ＵＳ＄
④ＵＳ＄→アルトコイン
⑤アルトコイン→ＵＳ＄
⑥ＵＳ＄→日本円
上記①～⑥のうち、為替差益が発生するタイミングは①以外ですので、②～⑥のタイミングそれぞれで為替差損益を計算し、雑所得を計算することとなります。

お忙しいところご回答いただきありがとうございました。
補足させてください。
①日本円→BTC
②BTC→アルトコイン
③アルトコインで入金し、向こうの会社でドルに変換
④ドルでFXトレード
⑤ドル口座からアルトコインで出金
⑥アルトコイン→BTC
⑦BTC→日本円

という流れになっております。
為替差益を出すには、例えば
②の計算をするには1BTC＝何円と
1アルトコイン＝何円でどちらも円に換算し、差益がどれだけあるかを確認すればよろしいですか？

おっしゃる通り、交換した時点のそれぞれの通貨の円換算レートで計算します。
②では、
その時保有するＲＴＣの取得価額である①における日本円、
アルトコインはアルトコインに交換した時のアルトコインの円換算レート
をもって計算します。

ちなみに、③のアルトコインの取得価額（円貨）は②で交換した時の価額になります。