毎年確定申告を行っている上で同人活動をする場合の申告について

ご記載の条件で回答させていただきます。
給与が１か所で年末調整がすんでおり、それ以外に外交員報酬が２０万円以上あるということでしょうか。それ以外の同人活動が赤字の場合は特に申告は必要ありません。申告しなければ、問題ありません。
問題は黒字になった場合です。黒字の場合は、申告する必要があります。その場合、外交員報酬を事業所得で申告しているか、雑所得で申告しているかで、変わってくる可能性があります。外交員報酬を雑所得で申告している場合は、同人誌収入が黒字であれば雑所得に加算し、また、赤字であれば外交員報酬と通算できます。
所得税の確定申告で「住民税に関する事項」を「自分で納付」と記載すれば、給与分の住民税は会社の給与から天引きされ、雑所得や事業所得分は自宅へ通知されます。つまり、一般的は「会社にばれない」ということになります。ただ、現在給与以外に外交員報酬があるとすると、おそらく、現状はそれも含めて、特別徴収（全額給与から天引き）されているのではないか、と思われます。そうすると、「自分で納付」を選択すると外交報酬分と同人活動分が自宅へ通知されることになります。（会社へ通知される住民税が報酬分減ってしまいます）
通常、それにより会社にばれることはないと思いますが、断定はできません。給与と報酬は給与天引きにして同人活動分は自分で納付とできればいいのですが。住民税の問題なので、お住いの市区町村の「住民税の係」に状況を説明して尋ねるのがベストだと思います。
以上、中途半端な回答で申し訳ありません。参考にしてください。