新築一戸建て住宅の住宅ローン減税、建築工事と設備工事を分離発注した場合の対象外について

工事契約書等によりその設備工事がどのようなものであるか明らかになっていないので、確たる回答はできませんが、
「その家屋と一体として取得した当該家屋の電気設備、給排水設備、衛生設備及びガス設備等の取得の対価の額」は当然のことながら、「家屋の取得対価の額」に含まれます。

税務署が提示した「税務訴訟資料 第259号-108（順号11221）」は、事務所を住宅に改装した場合の設備工事のケースなので、お話のとおりであればこれが当てはまるとは思えませんが、これを提示する以上は、「その家屋と一体として取得した」ことを疑問視する何かがあるのではと客観的に感じます。
また、「住宅ローン控除」といわれるように住宅ローンが設定されていないと対象にはなりません。

そこで、
①当設備工事資金は住宅ローンで賄っているのでしょうか。
②その設備工事は「家屋と一体として取得した」とは言えない要素があるのではないでしょうか。
その点を明らかにすれば自ずから結論が出ると思われます。

ご回答いただきありがとうございます。
工事契約書は、建築工事、設備工事と別々に作成されております。そのことが設備工事は対象外の判断とされて、判例まで持ち出されて混乱しております。
①当設備工事資金は住宅ローンで賄っているのでしょうか。

　→工事費は住宅ローンで賄っており、不足分は自己資金です。
②その設備工事は「家屋と一体として取得した」とは言えない要素があるのではないでしょうか。

　→私としては、「家屋と一体として取得した」との認識しかございません。工事費の請求書をもって銀行へ確認していただき、その場で支払いの手続きも行っております。

なにも嘘偽りなく、素直にありのままを説明し、何度も電話での説明も実施しましたが、受け入れてもらえておりません。
国が住宅取得を促進するために減税などの「特別控除」であおって、いざ申告したら、国（税務署）からは、一部は「対象外」という判断、国による詐称ではないかと疑ってしまいます。
愚痴ぽくなり申し訳ございません。丁寧な回答をいただき改めて感謝いたします。

そうなると、税務署が疑う「家屋と一体として取得した」と言えない部分の根拠をよく聞き取り、その回答を持って、お近くの税理士会で確認してもらったらどうでしょうか。無料相談もありますが、セカンドオピニオンとして有料で相談したほうがいいと思います。