【株式運用・源泉徴収】特定口座を開設して株の運用益を得た際の源泉徴収の仕組みについて
私は本業(給与所得)かつ副業(株式以外、Web開発系)を行っている者です。
この度、株式の運用を始めようと証券会社で特定口座を開設しました。
特定口座の場合、株の運用で利益を得た際は証券会社側が源泉徴収や所得税・住民税の納付を代行してくれることになっています。
この仕組について疑問に思うことがあります。
前提として、副業の方は会社にバレたくないため、住民税等を自分で納付にしており、給与から天引きしておりません。
しかしながら、今回の特定口座による源泉徴収および確定申告の代行によって、株式の利益分に加えて副業の収入分も加味され、本業の方に両者分の住民税が加算されて通知されることで、結果的に株式運用と副業が会社にバレてしまわないか懸念しております。
以上をまとめたご質問事項は以下になります。
1)株式の運用で得た利益による源泉徴収・確定申告は、本業側および副業の源泉徴収・確定申告と、それぞれ独立していますか?
2)証券会社の源泉徴収・確定申告で算出された住民税等の税金は、本業と副業のそれぞれの分とは合算されず、あくまで独立して収めるものでしょうか?
3)証券会社の源泉徴収・確定申告によって、副業が会社にバレるような事態は発生しますか?
(例えば副業分と株式運用分の住民税が加算され、本業の住民税でまとめられることでバレてしまうなど)
長々となりましたが、これまでバレなかった副業が証券会社での源泉徴収・確定申告代行により、会社にバレてしまわないかを最も懸念しております。
拙い文章で申し訳ありません、よろしくお願いいたします。
税理士の回答

中島吉央
特定口座(源泉あり)なら、申告不要を選択できますので、確定申告の時にその分を申告しなければ一切、他に影響与えません。
中島様、ご回答ありがとうございました。
当方は「特定口座(源泉あり)」を開設しております。
証券会社のWebサイトにも以下のような記載がありますが、ご回答頂いた内容を踏まえ、
基本的にこちらでは確定申告などは行わず、証券会社に任せておけば特段他に影響しないという解釈でよろしいでしょうか?
「・特定口座(源泉徴収あり)の場合
当社にて税金の計算や納付を行いますので、お客様ご自身での確定申告は原則必要ありません。」

中島吉央
その証券会社のWEBサイトに書かれている通り、申告しなければ影響は与えません。
ご回答ありがとうございました。
本投稿は、2021年12月08日 15時31分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。