購入当時より高く相場で取引されていた場合の課税対象になるのか

1個または1組で30万円を超えるものについては課税されると考えます。

国税庁HP: 譲渡所得の対象となる資産と課税方法
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3105.htm

該当説明文　抜粋
「資産の譲渡による所得のうち、次の所得については課税されません。

（1） 生活用動産の譲渡による所得

家具、じゅう器、通勤用の自動車、衣服などの生活に通常必要な動産の譲渡による所得です。

ただし、貴金属や宝石、書画、骨とうなどで、1個または1組の価額が30万円を超えるものの譲渡による所得は除きます。」

同様にヤフオクやメルカリではなく買取店へ売却した場合も課税対象ですか？
この課税対象とみなされるのは購入当時より高い相場を知ったうえで売却するからでしょうか？

他の質問では私物コレクションを売却した場合は生活動産とみなされ非課税となることが多いと見ました。

同様にヤフオクやメルカリではなく買取店へ売却した場合も課税対象ですか？
→はい。1個または1組で30万円を超えるものは、課税対象になると考えます。

この課税対象とみなされるのは購入当時より高い相場を知ったうえで売却するからでしょうか？
→いいえ。プレミア品で骨董品などのように価値のあるものであるためと考えます。

他の質問では私物コレクションを売却した場合は生活動産とみなされ非課税となることが多いと見ました。
→何でもかんでも課税されるわけではありません。
　上記のとおり「1個または1組で30万円を超えるもの」という基準があります。

　例えば、遊戯王カードを売却したとします。売却額は、レッドアイズブラックドラゴンのカードが1万円、ブルーアイズホワイトドラゴンのカードが100万円になったとします。
　この場合、レッドアイズブラックドラゴンの売却金は30万円以下なので非課税、ブルーアイズホワイトドラゴンの売却金は30万円を超えているので課税という考え方です。

ちなみに2点ほどあり、Aは購入当時1万円→相場3万円、Bは購入当時2万円→相場3.5万円ですので課税対象外という認識でよろしいでしょうか？

はい。非課税となります。申告は不要です。