個人事業主との業務委託契約時の源泉徴収について

結論を申しますと、修正申告の必要はございません。
源泉所得税は、支払先が納付すべき所得税を預り、支払先の代わりに納税する税金ですから、源泉していてもしていなくても、支払先が各年分の確定申告を行えば年間の所得税が確定し、源泉されていた金額を差し引き納税します。
つまり、過去の所得税は精算済みということです。
では、どういった場合に源泉徴収しなければならないかということですが、国税庁ＨＰの№２５０２をご覧ください。
源泉徴収が必要か否かは、支払先や支払金額の性質ではなく、まず、支払元が源泉徴収義務者かどうかということです。
支払元が事業を行っており、普段から給与の支払いがある場合は、源泉徴収義務者にあたります。
事業を行っていても給与の支払いがない場合は、源泉徴収義務者にはあたりません。