代理出品

実質所得者課税の原則がありますので、貴方に対する課税になると考えられますが、メルカリの規約違反は税法上の問題ではなく全く別次元の話で、税務署は管轄外であり調査情報を他者に漏らすことはないので調査でメルカリに規約違反がばれることはないでしょう。
メルカリの規約違反がバレたときの罰則などは他の法令上の問題なので、弁護士にご相談ください。

自分が確定申告していても、一旦家族名義のアカウントで運営しているので売上もアカウント持ち主に入ります。

その場合、税務調査に入られる可能性はありますか？
また、入られた場合代わりに自分が説明すれば問題ないでしょうか？

調査は税務署が判断することですからわかりません。
調査があったら誠実に説明してくださいとしか回答のしようがありません。その説明を税務署がどのように判断するのかは税理士を含めて第三者にはわかりませんので、問題の有無も回答のしようがありません。