贈与税について

その証拠となる預金通帳等を保管しておけば、問題はないと考えられます。

これが贈与が成立していると言われてお尋ねが来ることはありますでしょうか？
NISAで若干利益が出ていることが気がかりです。
投資枠が合算されていたため、いくら増えたかわかりません(数千円程度だと思いますが…)
多めに父に返済したほうがよかったでしょうか。
贈与税は相続税の補完税ということで、将来相続税に含める気があるなら問題ないのでしょうか。

国税局・税務署では、あらゆる情報収集を行っていますので、1,000万円のことについてお尋ねがくることも可能性としてはあります。
NISAは、非課税なので問題はありませんが、また、お父様から振り込まれた1,000万円については申告された方がよいと思います。
確かに贈与税は相続税の補完税と言われていますが、意味合いとしては、仮に贈与税がなければ、生前中に相続税がかからないように贈与をすればいいことになりますので、そういう事を抑制させる意味で贈与税があり、贈与税を課税することによって、相続税を補完しているというこになります。

はい、今年は正式に贈与ということになりましたので、来年相続時精算課税制度届け出と贈与税申告で1000万分申告をする予定です。

不安だったのは、預かったお金を一部生活費やNISAに使用してしまったせいで、全額が贈与とみられ、贈与と贈与の往復ビンタで贈与税を納めなければならないのか？というところです。
父も私も、預る・貸す・あげるの違いで税金の扱いが変わることを理解しておらず、途中どんな経路を通っても、最終的にお金が父に戻っていればいいと考えていました。

今回の1000万が贈与となると、相続税が控除額に収まる、相続となると相続税が発生するという現状ですので、調査が入った際にはどちらの対応をされるのかなと思いました。
調査があるとすれば、10年以内に父が亡くなってしまった際の相続税調査で、ですかね…。

相続時精算課税を選択されると、今後、お父様から110万円を超える贈与があった場合は、相続時精算課税で申告が必要になりますのでご注意ください。